- รางวัล The UNESCO King Sejong Literacy Prize 2016 เนื่องในโอกาสวันที่ระลึกสากลแห่งการรู้หนังสือ โดย องค์การการศึกษา วิทยาศาสตร์ และวัฒนธรรมแห่งสหประชาชาติ(UNESCO) จาก โครงการวิจัยเชิงปฏิบัติการ เรื่อง “การจัดการเรียนการสอนโดยใช้ภาษาท้องถิ่นและภาษาไทยเป็นสื่อ: กรณีการจัดการศึกษาแบบทวิภาษา (ภาษาไทย-มลายูถิ่น) ในโรงเรียนเขตพื้นที่สี่จังหวัดชายแดนภาคใต้”
- รางวัลโรงเรียนที่มีผลการปฏิบัติที่เป็นเลิศ (Best Practice) ระดับอำเภอ ด้านการอนุรักษ์ภูมิปัญญาและวัฒนธรรมท้องถิ่น และได้รับคัดเลือกให้เป็น โรงเรียนที่มีแนวปฏิบัติที่ดีด้าน การอนุรักษ์และสืบทอดวัฒนธรรมและภูมิปัญญาท้องถิ่น จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ มอบให้แก่ โรงเรียนบ้านกุดสะกอย
- รางวัลดีเด่น ด้านการส่งเสริมและรักษามรดกภูมิปัญญาทางวัฒนธรรม ประจำปี 2559 โดย กรมส่งเสริมวัฒนธรรม กระทรวงวัฒนธรรม มอบให้แก่ ชุมชนเขมรถิ่นไทยบ้านโพธิ์กอง
- รางวัลชนะเลิศเหรียญทองอันดับ 4 จากการแข่งขันท่องอาขยานทำนองเสนาะชั้น ป.1-ป.3 โดย สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปัตตานีเขต 3 มอบให้แก่ ด.ญ.อิลฮัม สะนิ นักเรียนโครงการทวิภาษา
รางวัลที่ได้รับ ปี 2559
